1、应用研发部：

性控技术研究室：主要进行以奶牛为主的家畜性控新技术、新产品开发试验。取得多项专利、制定国家标准，推动了奶牛良种化进程、肉牛、肉羊、奶山羊快速扩繁和现代畜牧产业升级转型。

胚胎克隆研究室：主要进行奶牛、肉牛种公牛和高产奶牛胚胎生产及克隆技术的产业化应用研究和技术开发。成功克隆高品质奶牛12头和我国首例克隆马鹿“蒙元一号”，目前重点技术项目之一是通过克隆技术引进、繁育高品质奶山羊，同时通过胚胎移植繁育生产母牛1000余头。

生物信息研究室：主要针对产业需求进行生物信息检测、分析与服务。结合基因组检测的大数据和生物信息学分析手段，承担动物杂交-骡子生殖调控研究项目、家畜航天育种实验项目和性控种牛培育项目。 

繁育技术研究室：综合性别控制、胚胎移植、人工授精等现代生物技术手段，研究开发肉羊、奶山羊快速扩繁技术及实用器具，推动肉羊、奶山羊普通冷冻精液、性控冷冻精液、冷冻胚胎的产业化应用。

2、基础研发部：

细胞生物学研究室:主要实验动物及牛、羊、鹿等家畜为研究对象，开展干细胞诱导与建系的基础理论与应用技术研究、家畜大动物生产性能相关的以及细胞遗传调控。

发育生物学研究室:研究生物个体从精子和卵子发生、受精、发育、生长到衰老、死亡的生物学规律，开展实验动物胚胎干细胞诱导及向生殖细胞定向分化的分子调控机制研究，动物胚胎发育及人工胚胎试制新技术，为家畜育种和人类医学提供理论和技术支撑。

组织胚胎学研究室：研究牛、羊等家畜组织胚胎形成胎儿发育的特点，同时从分子水平揭示家畜组织形成胎儿发育、组织分化的机制，对于家畜育种和再生医学具有潜在应用价值。

3.DHI检测中心：

西部地区最大的DHI检测中心。主要技术内容是跟踪测定牛奶乳脂、乳蛋白、体细胞等牛奶主要成分。本中心每年可对约7万头泌乳奶牛进行DHI生产性能测定，可为奶牛育种和牧场管理提供有力的技术支撑。